Nằm ở thị trấn Phát Diệm, huyện Kim Sơn cách Hà Nội 129 km về phía Nam, được xây dựng từ năm 1875 đến năm 1898. Phát Diệm có nghĩa là phát sinh ra cái đẹp, tên Phát Diệm do Nguyễn Công Trứ đặt. Nhà thờ được xây dựng với trình độ kỹ thuật và điều kiện giao thông của những năm cuối thế kỷ 19 thì chỉ việc vận chuyển hàng nghìn tấn đá, có những phiến nặng 20 tấn, hàng trăm cây gỗ lim về tới Phát Diệm để xây nhà thờ cũng là một kỳ công. Kim Sơn vốn là vùng đất mới khai khẩn, trước đây rất lầy lội, để xử lý độ lún của khu đất trước khi xây dựng người ta đã chuyển cả một quả núi nhỏ cách 40km về Phát Diệm, khách về thăm nhà thờ còn thấy núi Sọ, đấy chính là một phần của trái núi đã được dân rời về Phát Diệm. Đây là một quần thể kiến trúc gồm có: Ao hồ, Phương Đình, Nhà thờ lớn với bốn nhà thờ cạnh ở hai bên, ba hang đá nhân tạo, nhà thờ đá.
